Es evidente que la influencia del hombre sobre la vegetación y fauna del Municipio han producido un deterioro notable, ya que a través del aprovechamiento de madera para combustible, el desmonte para el uso de la tierra en actividades agrícolas y urbanas.
Parte del territorio municipal de Acámbaro contiene vegetación de matorral; las especies más comunes son: palo bobo o cazahuate, nopal, papelillo amarillo.
Es entonces como la flora ha ido disminuyendo alarmantemente en las últimas décadas, sin embargo quedan algunas especies que aún subsisten, algunas son utilizadas como plantas medicinales:
Entre dichas especies podemos encontrar, aguacate, ahuehuete o sabino, altamísa o artemisa, amapola amarilla o copa de oro, prodigiosa o gobernadora, calabaza, capulín, cempasúchil, codo de fraile, colorín, cóngora, contrayerva o barbudilla, tomate amarillo o tomate de burro, damiana o hierva de la pastora, diente de león, doradilla o flor de piedra, epazote, escobilla o anisillo, varias especies de eucalipto, granada, guamúchil, flor de san Juan, flor de noche buena, helechos en gran variedad y abundancia, higuerilla, hinojo, maguey.
Varias especies se encuentran en peligro de desaparecer: Maíz, mezquite, mucle, palo del muerto o palo bobo o cazahuate, pata de león conocida como santa maría, yerba del perro, pirul, romero, té limón, tronadora, yerba de la golondrina, sábila, zapote blanco entre otras.