Al igual que la flora la fauna del Municipio ha ido disminuyendo a lo largo de los años; principalmente por el uso de suelo, por la intervención del hombre o por los factores naturales que han provocado la alteración del hábitat de los animales, al grado que sólo para las zonas de matorral y de cultivo se reportan las especies de pequeños mamíferos como el tlacuache y coyote.
Para el bosque de encino y de pino-encino existen mamíferos como el venado cola blanca, armadillo y una gran variedad de aves, grulla, tordo, urraca, gorrión, cotorros, cenzontle, cuitlacoche, entre otras y reptiles, lagartijas, coralillas, alicantes y serpiente de cascabel, variedades de escarabajos; variedades de insectos, y sobre todas las cosas, una cantidad asombrosa de variedades de mosco, entren los que se cuentan algunos anófeles, tábanos y mosca.
Para la Presa Solís y el Lago de Cuitzeo se reportan una gran cantidad de Aves acuáticas migratorias y residentes tales como el pato, garza, huilotas
. Por el lado de la fauna acuática se pueden encontrar desde; bagre, tilapia, carpa, charal, camarón dulce conocido también como ajolote; víboras de agua, etc. Por otro lado, dentro de la fauna estacionaria, encontramos diferentes especies como; coyote, conejo, liebre, zorrillo, ardilla, rata de campo tanto gris como blanca, burro, toro, caballo, mula, macho, cabra, borrego, variedad de perros y gatos, ciempiés, grillos, variedad de arañas, avispas, abejas, chapulín en gran variedad, hormigas arrieras, hormigas mantequeras, rojas y negras